Pomysł na wydawanie czasopisma naukowego promującego naukę Mazowsza zrodził się już w 2005 roku. W październiku tego samego roku Zarząd Województwa Mazowieckiego podjął decyzję o powołaniu periodyku naukowego pod nazwą „Studia Mazowieckie”. Niestety, ze względów formalnych nie można było wydawać tak nazywającego się pisma (czasopismo o takim tytule było już wydawane przez jedną z niepublicznych szkół wyższych na Mazowszu). Podjęto zatem decyzję o zmianie nazwy periodyku na „MAZOWSZE Studia Regionalne”. Rezultatem tych działań było podjęcie w dniu 19 grudnia 2005 roku przez Sejmik Województwa Mazowieckiego uchwały o zmianie statutu Mazowieckiego Biura Planowania Regionalnego w Warszawie, na mocy której biuro zostało wydawcą periodyku, a jego Dyrektor – pan prof. dr. hab. Zbigniew Strzelecki został Redaktorem naczelnym pisma.
W dniu 9 października 2007 roku tytuł czasopisma został wpisany do Sądowego rejestru dzienników i czasopism prowadzonego przez Sąd Okręgowy Warszawa-Praga w Warszawie III Wydział Cywilny, pod pozycją Pr.1968. Czasopismo miało być wydawane jako kwartalnik, jednakże stwierdzono, że początkowo pismo będzie się ukazywało w cyklu półrocznym (co skutkowało przerejestrowaniem pisma w lipcu 2008 roku). W 2012 roku, ze względu na zmianę siedziby wydawcy i redakcji, dokonano kolejnego przerejestrowania pisma. Obecnie MAZOWSZE Studia Regionalne zarejestrowane jest w Sądowym rejestrze dzienników i czasopism prowadzonym przez Sąd Okręgowy w Warszawie VII Wydział Cywilny, pod pozycją Pr.18297.
MAZOWSZE Studia Regionalne zarejestrowane jest również w Narodowym Ośrodku ISSN prowadzonym przez Zakład Czasopism Biblioteki Narodowej w Warszawie pod nr ISSN 1689–4774. Wydania on-line mają numer ISSN 2543-4373.