Pomysł na wydawanie mazowieckiego czasopisma naukowego zrodził się już w 2005 r. Podczas I Forum Mazowieckiego, które odbyło się 26 kwietnia 2005 r., Pan Adam Struzik Marszałek Województwa Mazowieckiego wskazywał na potrzebę współpracy pomiędzy mazowieckim samorządem regionalnym a środowiskiem naukowym. Wtedy pojawił się pomysł wydawania pisma służącego upowszechnieniu dorobku mazowieckich naukowców oraz poruszającego problematykę związaną z Mazowszem. Pomysł wcielił w życie prof. dr. hab. Zbigniew Strzelecki dyrektor Mazowieckiego Biura Planowania Przestrzennego i Rozwoju Regionalnego w Warszawie, późniejszy pierwszy Redaktor naczelny czasopisma. Już w październiku tego roku Zarząd Województwa Mazowieckiego podjął decyzję o powołaniu periodyku naukowego pod nazwą „Studia Mazowieckie”. Niestety nie można było zarejestrować tak nazywającego się pisma, ponieważ czasopismo o takim tytule było już wydawane przez jedną z niepublicznych szkół wyższych na Mazowszu. Podjęto zatem decyzję o zmianie nazwy periodyku na „MAZOWSZE Studia Regionalne”. Rezultatem tych działań było podjęcie 19 grudnia 2005 r. przez Sejmik Województwa Mazowieckiego uchwały o zmianie statutu Mazowieckiego Biura Planowania Przestrzennego i Rozwoju Regionalnego w Warszawie, na mocy której Biuro zostało Wydawcą periodyku, a jego Dyrektor – Redaktorem naczelnym. W 2006 r. Uchwałą Sejmiku Województwa Mazowieckiego zmieniono nazwę na Mazowieckie Biuro Planowania Regionalnego w Warszawie obowiązującą do dziś. 9 października 2007 r. „MAZOWSZE Studia Regionalne” zostało wpisane do Sądowego rejestru dzienników i czasopism prowadzonego przez Sąd Okręgowy Warszawa-Praga w Warszawie III Wydział Cywilny, pod pozycją Pr.1968.
Pierwszy numer czasopisma „MAZOWSZE Studia Regionalne” został oddany do druku pod koniec 2008 r.
Choć początkowo planowano, że „MAZOWSZE Studia Regionalne” będzie wydawane jako kwartalnik, to przez pierwsze lata ukazywało się w cyklu półrocznym, co skutkowało koniecznością przerejestrowania pisma już w lipcu 2008 r. Plany ostatecznie udało się zrealizować w 2017 r. i od tego czasu regularnie wydawane są 4 zeszyty rocznie.
W 2012 r. ze względu na zmianę siedziby Wydawcy i Redakcji dokonano kolejnego przerejestrowania pisma. „MAZOWSZE Studia Regionalne” zarejestrowane zostało w Sądowym rejestrze dzienników i czasopism prowadzonym przez Sąd Okręgowy w Warszawie VII Wydział Cywilny, pod pozycją Pr.18297.
W tym samym roku pismo zostało umieszczone w części B wykazu czasopism naukowych prowadzonego na podstawie rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 13 lipca 2012 r. w sprawie kryteriów i trybu przyznawania kategorii naukowej jednostkom naukowym.
W 2015 r. MBPR przystąpiło do międzynarodowego stowarzyszenia wydawców Publishers International Linking Association Inc. (PILA) i otrzymało nr DOI (digital object identifier). Od tego czasu wszystkie publikowane artykuły otrzymują indywidualny identyfikator obiektów elektronicznych, gwarantujący trwałość i zapewniający stałe łącze pomimo zmian w obrębie metadanych lub lokalizacji plików.
„MAZOWSZE Studia Regionalne” zarejestrowane jest również w Narodowym Ośrodku ISSN prowadzonym przez Zakład Czasopism Biblioteki Narodowej w Warszawie pod nr ISSN 1689-4774. Wydania on-line mają numer ISSN 2543-4373.
Zmiany tematyki czasopisma
MSR powstał z myślą o promowaniu efektów pracy mazowieckich ośrodków naukowych, dorobku badaczy z regionu mazowieckiego oraz publikacji wyników badań dotyczących problematyki rozwoju Mazowsza. Pierwotnie swobodnie podchodzono do tematyki materiałów – wystarczyło powiązanie Autora lub zagadnienia przez niego poruszanego z województwem mazowieckiem. Od 2014 r., ze względu na specyfikę Wydawcy i jego specjalizację w zakresie planowania przestrzennego i rozwoju regionalnego, tematyka materiałów koncentrowała się na naukach o polityce publicznej, dyscyplinie należącej do dziedziny nauk społecznych, oficjalnie uznanej w Polsce od 1 października 2011 r. Z biegiem lat uznano jednak, że zawężenie obszarowe i dziedzinowe ogranicza rozwój czasopisma, wobec mnogości tematyki związanej z polityką regionalną.
Obecnie, periodyk jest ukierunkowany na wieloaspektowe studia i analizy porównawcze obejmujące zarówno Mazowsze, jak i pozostałe obszary Polski, Europy oraz inne regiony świata, zgodnie z podtytułem czasopisma, tj. STUDIA REGIONALNE. W czasopiśmie prezentowane są m.in. studia przypadków ukierunkowane na identyfikację dobrych praktyk, wzorców w obszarze polityki regionalnej i sferze badawczo-rozwojowej, ma ono zatem walory nie tylko naukowo-badawcze, teoretyczne, lecz także wdrożeniowe. Choć główny tytuł czasopisma, tj. MAZOWSZE, może sugerować inaczej, treści nie są ograniczane do zagadnień dotyczących tylko województwa mazowieckiego.
W strukturze MSR wyróżnione zostały trzy sekcje: I. Analizy i Studia zawierająca recenzowane artykuły naukowe, II. Samorząd – gdzie zamieszczane są artykuły związane z działaniami podejmowanymi przez samorządy oraz III. Varia obejmująca krótkie, przeglądowe materiały.
Teksty publikowane są w języku polskim ze streszczeniami również po angielsku, jednak okazjonalnie w pierwszych wydaniach pojawiały się tytuły w języku angielskim. Od 2015 r. najciekawsze artykuły z danego roku są tłumaczone i wydawane w numerze angielskim i dodatkowo prezentowane podczas wydarzenia „Europejski Tydzień Regionów i Miast” odbywającego się co roku w październiku w Brukseli. Początkowo w ciągu roku ukazywały się 3 numery polskie i 1 angielski. Począwszy od 2021 r., obok 4 numerów polskich, wydawana jest wersja anglojęzyczna „MASOVIA Regional Studies” Special Edition z numeracją odrębną od edycji polskiej.
Redaktorzy naczelni
Zaszczytną funkcję pierwszego Redaktora naczelnego periodyku „MAZOWSZE Studia Regionalne” pełnił prof. dr. hab. Zbigniew Strzelecki, ówczesny dyrektor Mazowieckiego Biura Planowania Regionalnego w Warszawie i Kierownik Katedry Rozwoju Regionalnego i Przestrzennego Kolegium Ekonomiczno-Społecznego Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie. W dużej mierze właśnie dzięki inicjatywie i staraniom Profesora możliwe było powołanie do życia czasopisma.
W styczniu 2016 r. zadania Redaktora naczelnego powierzono dr inż. arch. Adrianie Barbarze Cieślak, ówczesnej Kierownik Zespołu Planowania w Instytucie Architektury i Urbanistyki na Wydziale Architektury, Budownictwa i Inżynierii Środowiska Politechniki Łódzkiej.
Nieprzerwanie od 2018 r. Redaktorem naczelnym periodyku jest prof. dr hab. Krzysztof Opolski z Katedry Zarządzania i Technologii Informacyjnych Wydziału Nauk Ekonomicznych Uniwersytetu Warszawskiego. Profesor Opolski specjalizuje się w zarządzaniu w sektorze publicznym oraz w instytucjach finansowych i przedsiębiorstwach, bankowości i finansach, konkurencyjności i marketingu.